Alexandra Henrion-Caude
alexandra.caude@fondationimagine.org
EQUIPE
Chercheurs
Martine Le Merrer
Jean-Philippe Jaïs
Catherine Turleau
Personnel technique
Patrice Gastineau
Claude Mugnier
Autres membres de l'équipe
Muriel Girard
Sylvain Hanein
Marie-Liesse Chauvet
SITES WEB
http://www.genatlas.org
http://www.mirifix.com
Les 5 meilleures publications

1. Bandiera S. et al. Nuclear outsourcing of RNA interference components to human mitochondria. PLoS One. (2011). 6(6):e20746.
2. Warman ML. et al. Nosology and classification of genetic skeletal disorders: 2010 revision. Am J Med Genet A. (2011). 155A(5):943-68.
3. Jardin F. et al. Diffuse large B-cell lymphomas with CDKN2A deletion have a distinct gene expression signature and a poor prognosis under R-CHOP treatment: a GELA study. Blood. (2010). 116(7):1092-104.
4. Bandiera S. et al. microRNAs in diseases: from candidate to modifier genes. Clin Genet. (2010). 77(4):306-13.
5.
 Girard M. et al. miR-122, a paradigm for the role of microRNAs in the liver. J Hepatol. (2008). 48(4):648-56.
 
Bases de données et systèmes innovants de requête dans l'étude des maladies génétiques

Aperçu

Avec l'achèvement du projet du génome humain et le développement de nouvelles méthodes de détection des variants géniques, prédire le phénotype à partir du génotype est devenu un défi essentiel de l’étude des maladies génétiques. Notre objectif est de fournir un accès rapide et pertinent à des fonctions de recherche sur les maladies rares. Le public visé est double : médical et scientifique. Nos efforts d’analyse portent sur les maladies héréditaires connues, leur endophénotypes, les gènes liés à ces maladies, l’imagerie médicale, les modèles animaux et les solutions thérapeutiques. Notre développement doit contribuer à : a) faciliter la compréhension des bases moléculaires des maladies, b) accroître la probabilité d'un diagnostic correct, c) établir des correspondances entre les stratégies thérapeutiques et les mutations.


Historique et contexte

GENATLAS est une base de données des gènes et des maladies qui a été créé en 1986 et a été constamment mis à jour depuis. Elle fournit un flux d'informations couplant des systèmes de données, de requêtes et de visualisation, allant de la structure du gène à l'expression, des mutations à la fonction, tout en intégrant les conséquences phénotypiques disponibles. Les données sont fondées sur l'annotation manuelle de la littérature scientifique, fournies par une alerte quotidienne. GENATLAS permet donc une compilation authentique de maladies génétiques, dont la spécificité provient des annotations des relations gène-maladie, des réarrangements chromosomiques cryptiques / non cryptiques et leurs phénotypes associés. Parallèlement, GENATLAS assure le développement d'un thésaurus pour l'utilisation conjointe de plusieurs bases de données (Orphanet, Cemara et GENATLAS). L'établissement de liens réciproques avec des bases de données telles que SwissProt, HGMD, IGMT, Genew, GeneCards et Orphanet a confirmé la réputation internationale de GENATLAS. La base de données web-enabled reçoit plus de 250.000 visites par an.

MIRIFIX a été développé avec l'objectif général de fournir un portail clinique et de recherche pour promouvoir la découverte d’ARN non-codants (ARNnc) dans les maladies génétiques, avec un accent particulier sur la classe de gènes de microARNs. Le logiciel MIRIFIX (sous brevet) permet à l'utilisateur d'interroger les microARNs à chaque niveau d'action, en tant que gène candidat ou modificateur, via une interface unique. Sa spécificité réside dans le fait d’être à la fois une base de données intégrée avec ses propres développements et un portail dynamique des outils les plus pertinents. Il permet à l'utilisateur d'explorer (i) l'emplacement des ARNnc par rapport à l'annotation des maladies et des ensembles de gènes codant des protéines, et (ii) la prévision ciblage du gène d'intérêt par les microARN (SNP, 3'UTR et/ou exons). Il fournit également les outils adéquats pour évaluer une séquence donnée comme cible de microARNs. 


Projets principaux

Notre système est développé pour servir simultanément de:

  • base de données de type « phénome ». À cette fin, nous étudions l'arborescence la plus appropriée pour définir les phénotypes et endophénotypes. Des systèmes appropriés sont conçus pour regrouper les images cliniques (radiographies, IRM cérébrale, données de laboratoire et images histologiques), afin de définir des entités de référence.
  • outil d'interprétation OMICS. Pour cela, nous travaillons avec la plateforme bioinformatique IMAGINE, afin que nos données servent l’interprétation des données de transcriptomique (miRnomique), épigenomique et de séquençage de prochaine génération.
  • source de méta-analyses et d’études pan-génomiques. Grâce à nos recherches, nous traduisons les informations qui s'accumulent rapidement dans les bases de données bioinformatiques en connaissances pertinentes pour les maladies humaines et la biologie en général.
Nos développements bénéficient fortement de l'interaction avec les 19 centres de référence génétique rare maladie à l'Hôpital Necker-Enfants Malades. Nos projets sont basés sur une nouvelle architecture de systèmes, constituée des ontologies utilisées dans l'annotation, permettant un flux continu d'informations entre les gènes, codants et non-codants, les phénotypes et les références (PubMed).


Développements

http://www.genatlas.org

http://www.mirifix.com (access on request, via the MIRIFIXTM contact person)



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